La decisión, tomada por unanimidad por los tres jueces del tribunal, echa por tierra definitivamente las esperanzas del serbio de 34 años de ganar su 21º título de Grand Slam, un récord, en el Abierto de Australia, que comienza el lunes.
"Estoy muy decepcionado", dijo Djokovic en un comunicado. "Respeto la decisión del tribunal y cooperaré con las autoridades pertinentes en relación con mi salida del país", añadió poco antes de ser visto en el aeropuerto de Melbourne para tomar un vuelo rumbo a Dubái.
"Ahora voy a tomarme un tiempo para descansar y recuperarme", dijo el jugador, cuya carrera podría verse gravemente afectada tras el fallo.
Djokovic obtuvo permiso para salir del centro de detención en el que fue internado el sábado y vio la audiencia de cuatro horas por internet desde las oficinas de sus abogados en Melbourne.
En su conclusiones ante el tribunal el sábado, el Ministro de Inmigración Alex Hawke había argumentado que la presencia de Djokovic en el país era "probablemente un riesgo para la salud".
Dijo que fomentaba el "sentimiento antivacunas" y podría disuadir a los australianos de recibir vacunas de refuerzo a medida que la variante ómicron se extiende rápidamente por el país.
"Disturbios civiles"
La presencia del campeón en Australia podría incluso "provocar un aumento de los disturbios civiles", añadió el ministro.
Aunque calificó de "insignificante" el riesgo de que el propio Djokovic infecte a los australianos, el ministro dijo que su "desprecio" de las normas sanitarias contra el covid-19 constituía un mal ejemplo.
El domingo, en el tribunal, los abogados de "Djoko" calificaron de "ilógica", "irracional" e "irrazonable" la detención y posible deportación de su cliente.
Pero no lograron convencer a los tres jueces del Tribunal Federal, que rechazaron por unanimidad el recurso, sin posibilidad de apelación.
Novak Djokovic fue detenido a su llegada a Australia el 5 de enero y puesto inicialmente en detención administrativa.
El jugador, que contrajo el covid-19 en diciembre, esperaba una exención para entrar en el país sin estar vacunado, pero las autoridades no aceptaron esta explicación.
El gobierno australiano sufrió un humillante revés el 10 de enero, cuando un juez bloqueó la deportación de Djokovic, restableció su visado y ordenó su liberación inmediata.
Pero el Ministro de Inmigración contraatacó el viernes y canceló su visado por segunda vez en virtud de sus poderes discrecionales, alegando "razones de salud y orden público".
En un comunicado publicado el miércoles, el tenista admitió haber rellenado incorrectamente su declaración para entrar en Australia.
"Incompetencia"
El 86 veces campeón de la ATP, que fue visto en Serbia y España en las dos semanas anteriores a su llegada, alegó un "error humano".
Los australianos soportan desde hace casi dos años algunas de las restricciones más duras del mundo contra el covid-19.
Además, con la perspectiva de elecciones en mayo, el contexto político estaba muy cargado.
En los últimos días aumentó la presión sobre el primer ministro conservador Scott Morrison, al que la oposición laborista ha acusado de "incompetencia".
El gobierno australiano celebró el domingo de su victoria legal.
"La sólida política de protección de fronteras de Australia nos ha mantenido a salvo durante la pandemia", dijo el ministro de Inmigración, Alex Hawke, en un comunicado.
"Los australianos han hecho grandes sacrificios para llegar a este punto y el gobierno de Morrison está firmemente comprometido a proteger esa posición", añadió.
Una postura diferente de la del presidente serbio Aleksandar Vucic. "Creen que con diez días de malos tratos humillaron a Djokovic. Se humillaron ellos mismos, Djokovic puede regresar a su país con la cabeza alta y mirar a todo el mundo de frente a los ojos", aseguró.
Para la ATP, que gestiona el circuito profesional masculino del tenis, la decisión judicial "pone fin a una serie de hechos profundamente desafortunados".
Su puesto en el cuadro final del Grand Slam australiano será ocupado por el italiano Salvatore Caruso (150º del mundo).