"Quiero agradecer a Joe por sus 10 años de trabajo y servicio a esta organización", dijo el gerente general Brian Cashman en un comunicado.
"Todo lo que hace esta organización lo hace con una cuidadosa y exhaustiva consideración, y hemos decidido buscar alternativas para el puesto de manager".
El futuro de Girardi con el equipo había estado sonando durante toda la temporada, aunque la especulación creció después de que los Yankees fueron eliminados en siete juegos en la Serie de Campeonato de la Liga Americana por los Astros de Houston.
De su lado, Girardi confirmó su salida de ese equipo.
"Con el corazón pesado, acudo a ustedes porque los Yankees han decidido no traerme de vuelta", dijo Girardi en un comunicado, según Sweeney Murti de WFAN.
La declaración de Girardi, que sugiere que los Yankees eligieron separarse, llega poco después de que Andrew Marchand, de ESPN, informara que la decisión fue mutua.
De acuerdo con Jon Heyman de FanRag Sports, esta temporada hubo tensión entre Girardi y la oficina principal de los Yankees.
El exjugador de 53 años había dirigido a los Yankees durante las últimas 10 temporadas, llevándolos a un título de Serie Mundial en 2009. Posee un récord combinado de 910-710 con Nueva York. También tuvo una marca de 78-84 en su temporada como capataz con los Marlins de Florida en el 2006.
Nueva York ahora se une a los Nacionales de Washington y los Filis de Filadelfia como equipos que buscan contratar nuevos dirigentes para la temporada 2018.